超声内镜检查一般不痛苦，因为超声内镜是无创检查，是将内镜探头插入消化道进而获取消化道图像，通常没有痛苦。超声内镜是诊断胃肠道病变的重要手段，而且超声内镜比较细腻，随着技术进步，超声内镜也可以制作小镜头，可以附带进行活检或者治疗操作，比如钳夹病变或者透镜下局部切除等。

1、胃部疾病：如胃、食管、十二指肠疾病，可以通过超声内镜进行检查，对病变可以进行初步定位，也可以明确组织的病理变化。因为超声内镜是无创性检查，所以一般不痛苦，但可能会有恶心、呕吐等不适症状;

2、食管疾病：如食管狭窄、食管憩室、食管肿瘤等疾病，也可以通过超声内镜进行检查。由于是无创性检查，相对来讲不痛苦，但可能会有咽喉部不适感;

3、十二指肠疾病：如十二指肠球部溃疡、十二指肠乳头状瘤、十二指肠息肉等疾病，由于局部没有明显的外伤，所以超声内镜检查相对来讲比较舒适，通常不会造成明显不适感;

4、其他情况：超声内镜也可经口腔或者经肛门进行检查，如果患者能够耐受，且身体没有过敏等不适症状，可以选择此检查方式。

超声内镜检查时胃中的食物残渣会随着超声探头排出体外，因此整个检查过程一般不会感觉痛苦。超声内镜是诊断胃肠道疾病最重要的检查手段，且诊断准确率较高，必要时建议患者进行此检查。